使用gdb调试程序coredump

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gdb调试

使用autogrid4处理数据的时候报错，coredump！根据GPT的指示解决了问题。简单记录一下。
要使用 gdb 调试 Autogrid4，可以按照以下步骤进行操作：

  • 安装 gdb：确保在您的系统上安装了 gdb。您可以通过在终端中运行适用于您的操作系统的相应安装命令来安装它。例如，在 Ubuntu 上，您可以运行 sudo apt-get install gdb 来安装 gdb。

  • 获取可调试的 Autogrid4 可执行文件：如果您使用的是提供的二进制文件，请确保从 Autodock-GPU 获取了带有调试信息的版本。如果您可以编译 Autogrid4，可以使用适当的调试标志（如 -g）来生成带有调试信息的可执行文件。

  • 启动 gdb：在终端中运行以下命令来启动 gdb 并加载 Autogrid4 可执行文件：

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    gdb autogrid4

  • 设置断点：您可以在代码中选择设置断点，以在特定的位置中断执行。例如，您可以使用 break 命令在某个函数或代码行上设置断点。例如，要在代码的第 98 行设置断点，可以运行：(这一步可以跳过)

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    break 98

  • 运行程序：在 gdb 提示符下，您可以使用 run 命令来执行 Autogrid4。例如：(到这一步就已经报出很明显的错误了)

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    run -p "${PAIR}.gpf" -l ${PAIR}

  • 调试过程中的命令：一旦程序在断点处停止，您可以使用命令如 continue（继续执行）、next（执行下一行）、print（打印变量内容）等来单步调试代码，观察变量的值和程序行为。

  • 分析核心转储文件：如果程序发生核心转储并退出调试模式，您可以使用 gdb 分析核心转储文件以获取更多信息。在 gdb 中运行以下命令来加载核心转储文件：

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    gdb autogrid4 core

这些步骤将帮助您使用 gdb 调试 Autogrid4。调试过程中，您可以通过查阅 gdb 的文档或使用 help 命令来了解更多 gdb 的功能和命令。